شیخ فضل­ الله در نهضت تنباکو که نخستین قیام فراگیر به رهبری روحانیت بود، نقش فعالی داشت. او نخستین عالمی بود که به حمایت از «میرزای آشتیانی» برخاست. در جریان این واقعه، نماینده­ی امینِ «میرزای شیرازی» در تهران بود، به طوری که پس از لغو قراردادِ انحصار تنباکو، تا وقتی که میرزای شیرازی به وسیله­ شیخ فضل­ الله از لغو قرارداد اطمینان حاصل نکرد، حکم حرمت استعمال توتون و تنباکو را لغو ننمود. در حقیقت با پیروزیِ موفقیت­آمیزِ ماجرای تحریم تنباکو، یک حرکت اصلاح­طلبانه با محوریت روحانیت آغاز شد.