مرکز رسیدگی به امور مساجد، بابیش از دودهه تجربه ی خدمت به خانه های خدا و مردم، تا کنون دوره های مدیریتی مختلفی را پشت سر گذاشته و همواره کوشیده است با بهره گیری از ذخیره ی گران سنگ تجربیات، مسیر رشد و بالندگی را طی کند. آنچه این تشکیلات را متمایز می کند، شکل گیری بر اساس نیاز واقعی است که برای ولی امر مسلمین (دامت برکاته) محرز شده است و با صدور فرمان تأسیس آن در حقیقت اختیارات خود را در ارتباط با مساجد، به واسطه ای امین، مقبول و نافذ الکلمه واگذار می نمایند؛ چنان که در سایر استان ها هم نمایندگان معزز ولی فقیه عهده دار چنین مسئولیتی هستند.
بنا بر تدبیر حکیمانه ی رهبر فرزانه ی انقلاب (دامت برکاته)، نقش آفرینی علمای صاحب نفس و متخلق در جریان تأسیس، روح معنویت و نورانیت را در کالبد مرکز می دمد و آن را ماندگار می کند.
حضرت آیت الله مهدوی کنی(دامت تاییداته) به عنوان دریافت کننده حکم تأسیس و حضرت آیت الله انواری (رحمه الله علیه) به عنوان اولین قائم مقام رییس مرکز، جهادگونه برای تحقق افق ترسیمی برای مجموعه، همت گماشته اند و با تلاش خود الگوی خدمتگذاری به مسجد مبتنی بر نظام مشخص را به یادگار گذاشته اند.